La vérificatrice générale, M^me Guylaine Leclerc, est appuyée par une sous-vérificatrice générale, M^me Christine Roy, et par des vérificateurs généraux adjoints, soit M^me Janique Lambert, commissaire au développement durable, M. Patrick Dubuc, M. Alain Fortin et M^me Caroline Rivard.

L’équipe de direction coordonne les travaux de 4 directions générales d’audit, de 4 directions principales d’audit, de 22 directions d’audit et de 6 directions de services administratifs ou de services-conseils. En vue d’optimiser l’expertise et l’efficacité des équipes de travail, les directions d’audit se concentrent soit sur les travaux d’audit financier, soit sur l’audit de performance (y compris les audits portant sur la mise en application de la Loi sur le développement durable).

L’étendue du champ d’activité du Vérificateur général requiert que les connaissances de ses employés soient variées. C’est pourquoi l’organisation compte dans son équipe, en plus des spécialistes en comptabilité, des professionnels possédant une autre formation universitaire.